Yūgi, un lycéen chétif, est passionné par les jeux et aimerait avoir de véritables amis. Son trésor ? Le Puzzle du Millénium, un casse-tête issu de l’Egypte ancienne, que son grand-père lui a offert. Tandis qu’il présente son secret à Anzu, son amie d’enfance, Jōno’uchi, un camarade de classe, fait irruption pour l’embêter, et même lui dérober une pièce du puzzle dans son dos. Bien que plus sage que son ami, Honda, membre du comité d’embellissement du lycée, ne fait rien pour l’arrêter.

Ushio, le chef du comité de la morale de l’établissement, observe la situation. Il décide d’offrir ses « services » à Yūgi, ce qui se traduit par des actes de cruauté envers Jōno’uchi et Honda que le frêle garçon va devoit régler, financièrement parlant. Au plus bas, Yūgi est pourtant sur le point de compléter son Puzzle.

Quand Yūgi prend sa défense, Jōno’uchi est bouleversé par un tel geste. Il fait des pieds et des mains pour retrouver la pièce du Puzzle, qu’il a dérobé avant de jeter dans le fleuve voisin, puis la remet à Yūgi. Le Puzzle complété, un double plus sombre naît chez le jeune garçon. Celle-ci provoque Ushio dans un combat très particulier : le Jeu des Ténèbres. Au terme d’une partie de cartes au-dessus du vide, Ushio est submergé par son avarice et perd la partie. Le lendemain, comme victime d’une illusion provoquée par « l’autre » Yūgi, il est retrouvé devant le lycée, en larmes, implorant sa mère.

Si Yūgi ne se souvient pas de tout, une chose est sûre : il a complété le Puzzle du Millénium, et son plus grand souhait est exaucé. Jōno’uchi lui offre son amitié… avant de partir en courant, gêné par sa tirade !