La ville de Domino accueille un magasin de jeux ultramoderne. L’enseigne amène avec elle un tout nouveau jeu voué à devenir populaire : Dragon, Dice & Dungeons, aussi nommé D.D.D. Son créateur, Ryûji Otogi, est un lycéen nouvellement transféré dans la classe de Yûgi. Celui-ci agit de concert avec son père, un game master autrefois humilié par Sugoroku Mutô, le grand-père de Yûgi. Ce dernier compte prendre sa revanche grâce à son fils, et c’est de force qu’il contraint les deux adolescents à s’affronter à Dragon, Dice & Dungeons. Mais, au cours de cette épreuve, Yûgi est privé de son Puzzle millénaire, et par conséquent de son « autre lui ».